При введении чрезвычайного положения Генеральный штаб Вооруженных Сил КР становится высшим органом оперативного управления и координации сил и средств органов внутренних дел, национальной безопасности, гражданской защиты, других государственных органов КР и органов местного самоуправления.
На территории, где введено чрезвычайное положение, одновременно с постановлением Жогорку Кенеша КР, Указом Президента КР о введении чрезвычайного положения в отдельных местностях либо отдельным постановлением Жогорку Кенеша КР, Указом Президента КР могут вводиться особые формы управления.
С 25 марта 2020 года Указами Президента КР от 24 марта 2020 года за № 55, 56, 57 на территории городов Бишкек, Ош, Джалал-Абад, Ноокатского и Карасуйского районов Ошской области, Сузакского района Джалал-Абадской области было введено чрезвычайное положение.
Также В Кыргызстане создан оперативный штаб по отслеживанию ситуации с коронавирусом.